教堂建于1910年。当时北京天主教总堂拟建一教堂和修女院会，由东交民巷天主教堂的法国神父柯来孟，弥厄尔教堂仁爱会法国修女依搦斯和瑟会修女夏大姑等人共同筹建。教堂基地共三块，面积约2000平方米。三块地都在南岗子附近，故统称之为南岗子教堂。1923年，仁教会修女集资银元两万元对教堂进行改建、扩建。收购永生巷一带荒地42亩，分东、西两部分建房。东部建楼房37间，为病、老修女住所，平房20余间，为诊疗所、职工宿舍和奶牛棚等。西部建教堂一座，即南岗子教堂（包括圣堂、神父院、厨房院等）。另建学校一所，后为惠我第四分校，即永生小学所在地。1952年修女院改为孤儿院。1958年教堂关闭，交由崇文区教育局使用。1986年天主教堂圣堂恢复使用，并成立了初学修女院，招收了第一批修女。同时，天主教总堂拨款两万元对圣堂进行整修。1989年区民政局拨款1.2万元，为教会盖房3间，作教徒出堂活动休息场所。从此，崇文区天主教友恢复了正常的宗教活动。1989年被列为区级文物保护单位。
