小苏干湖自然保护区位于甘肃省阿克塞哈萨克族自治县境南面，距县城55公里，东经94度11分-94度15分，北纬39度05分-39度09分，面积8.5平方公里。小苏干湖与大苏干湖相距约20公里，是一个具有出口的淡水湖。海拔2807-2808米，水域面积11.85平方公里，平均水深0.1-0.6米，最深2米，蓄水0.24亿立方米。小苏干湖水通过齐力克河流向大苏干湖。本区为高寒半干旱气候，年平均温度-0.4摄氏度，年平均降水量77.6毫米。主要保护对象为鸟类及其生境。
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