寺始建于明代（1425年），清康熙四年，玉琳国师于旧址增新葺旧，渐复丛林。全寺占地四十余亩，房舍五百余间，全盛时有僧一千三百多人。雍正十一年，帝御书“禅源寺”额以赐寺。乾隆皇帝两次南巡临寺赐经。??? 咸丰十年寺遭兵燹，后数十年间营修不辍，然已不复旧观。同治十五年，以韦驮菩萨祷雨灵应，帝御赐“福佑潜城”(潜城，清之於潜县,今临安市於潜镇）额悬于寺中。1941年4月，禅源寺被日本侵略军轰炸，部分房屋被毁。
