孔庙以大成殿为中心，正前分筑戟门、泮池和棂星门，左右两边即碑亭与碑廊。碑林汇萃了唐至清末共五百多方石碑，内容包括了帝王御笔，地方史料、名家法帖、人物刻像、水利图刻和儒学、宗教、墓志等，具有较高历史、科学、艺术价值。原是杭州孔庙旧址。碑林内共有碑、帖、墓志等500多件，荟萃了自五代到清代的五朝名家手迹的石刻。数量最多的是"南宋太学石经"，现残存86块。
其中较为珍贵的有：
一是五代石刻星象图，是从吴越国王钱元墓中出土。石刻用红砂石制成，原盖在墓顶。此为目前世界上最早的石刻星象图，是研究我国天文历史的珍贵文物。
二是五代画家兼诗人贯休所画的十六罗汉刻石，共十六方，每方刻一罗汉，浓眉大眼，丰颐隆鼻，形象奇特。清乾隆皇帝南巡至圣因寺见之，十分欣赏，曾对照梵本，一一改正名号，并格题赞辞。
三是南宋太学石经，为宋高宗赵构与皇后吴氏在南宋绍兴初年为太学标准读本所书。现残存《周易》、《尚书》、《中庸》、《毛诗》、《春秋》、《孟子》、《论语》七种，仅八十六方。此外，尚有苏轼撰《表忠观碑记》、赵孟脯《佑圣观重建玄武殿记》和记载杭州史料的碑刻多种。
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