百寿亭位于焦山西北半山腰别峰庵下。该亭是一座用砖砌成的方形凉亭,周围有墙,墙头与亭檐之间用瓦镶成一排古寿字图案,东、西、北三面墙有拱门,东西两门山路贯串其中。南墙内壁中间竖嵌着四块条石,上刻一百个不同样的篆体寿宁,变化巧妙,别具匠心。上有横额“百寿亭”三个大字,北面门头上刻有“水云深处”四字。现在亭内有石凳,可供游人小憩。