周围森林茂密，奇花异卉竞相斗艳，长有各种珍贵的药草，芳香四溢；山泉处处，如明珠璀璨夺目，珍禽异兽出没于林间，鸣啭于枝头。因此，这里历来被佛教信徒尊为吉祥宝地。
贡巴寺创建于清光绪十四年（1888年），有僧侣107人。当年农历四月十七日，为当朝皇帝和皇太后祝寿，举行了大规模法事，并在原有丁古扎仓的基础上，扩建了参尼扎仓、居巴扎仓和曼巴扎仓。皇帝为该寺颁赐了“当今皇帝万岁万万岁”的长生牌位和“皇太后万岁万万岁”的长生牌位，以及寺院的匾额，金字、旌表和金银五千两，大寺的诰封金册等。
当年九月，该寺的上下两院经堂竣工，连同十二个静修院，举行了隆重的“为文殊大皇帝祝寿”的活动。次年三月，建立了单纯的独立仪轨，随之将江车静修院等十二个静僧院合并，时有大经堂、菩萨殿、护法殿、四个扎仓，成为卓尼境内规模仅次于禅定寺的大寺院。
清末，贡巴寺归属夏河拉卜楞寺，从此，由拉卜楞寺任命法台，处理教务。所属教民和教区的政务，仍由卓尼杨土司管理，形成了政教分离的格局。
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